I. 5) Le contrôle des émissions
Dans le cas d’une émission lumineuse continue et spontanée la question du contrôle des émissions ne se pose pas (bactéries). 
En revanche, on peut se demander comment les animaux émettant de la lumière en alternance peuvent contrôler leurs activations et leurs émissions. Il y a donc trois formes de maîtrise des émissions.
Stimulation
On peut obtenir des réactions cellulaires par différentes sortes de stimulation :
Certaines espèces sont en effet capables d’obtenir des réactions lumineuses locales qui sont engendrées par des contacts tactiles. Dans la plupart des cas, l’intensité émise est proportionnelle à la force du contact physique.
Méduses Mnemiopsis
D’autres espèces, suite à des stimulations lumineuses (flashs), répondent elles-mêmes par une émission de lumière. Par exemple, cela est particulièrement remarquable lors de parades sexuelles de poissons photosensibles. En effet, ces derniers émettent de façon synchronisée des flashs.
Poissons zèbre
Influence d’un éclairement
Il est rare que la bioluminescence soit influencée par un éclairement. Mais certaines espèces sont sensibles à une exposition à la lumière. Elles peuvent, par exemple, perdre leur bioluminescence lorsqu’elles sont exposées à un éclairage et retrouver cette capacité dès qu’elles sont dans l’obscurité. Encore plus rarement, d’autres espèces ne peuvent émettre à nouveau qu’après un certain temps passé loin de toute lumière (souvent 15 à 30 minutes). Si une seule partie du corps est éclairée, seule cette partie est affectée par la perte de la bioluminescence.
Contrôle nerveux
Direct :
Le réseau nerveux est directement impliqué dans l’activation de la bioluminescence. En effet, une excitation nerveuse se propage dans toutes les directions à partir du cerveau. Cette excitation engendre une production discontinue de lumière (des flashs). Le plus souvent, la production de lumière prend fin avec l’arrêt de la stimulation nerveuse, mais certains animaux peuvent entrer dans un état d’hyper-excitation, c'est-à-dire qu’ils continuent d’émettre de la lumière même quand la stimulation prend fin.
Indirect :
La régulation des émissions n’est pas directement contrôlée par le système nerveux. Les muscles jouent le rôle de pont entre le cerveau et les photophores. Le cerveau envoie un signal nerveux à un muscle. Puis, il y a ensuite trois conséquences possibles :
- le muscle se contracte et expulse les réactifs de la réaction (cas de la bioluminescence extracellulaire) ;
- une rotation ou un pivotement du muscle permet de rendre visible les photophores qui étaient auparavant cachés ;
- l’émission lumineuse se fait par le biais de chromatophores, qui sont commandées par des fibres musculaires.
La contraction ou la dilatation des chromatophores permet l’émission de lumière.
Poisson phare